Mười lăm năm sau một thảm họa kinh hoàng mang tên Second Impact, thế giới lại phải đối mặt với hiểm họa mới: những sinh vật thiên thể khổng lồ được gọi là Angels liên tiếp tấn công Tokyo-3. Nhân loại hoàn toàn bất lực, dù đã sử dụng mọi loại vũ khí tối tân và chiến thuật quân sự tiên tiến nhất. Hy vọng cuối cùng của loài người nằm trong tay tổ chức bí ẩn mang tên NERV, do người đàn ông lạnh lùng Gendou Ikari đứng đầu. NERV điều khiển những cỗ máy khổng lồ hình người được gọi là Evangelion để chiến đấu chống lại Angels, sử dụng vũ khí hiện đại và những lá chắn tối thượng mang tên "Absolute Terror Field". Sau nhiều năm bị cha ruồng bỏ, Shinji Ikari — con trai 14 tuổi của Gendou — được triệu hồi trở lại Tokyo-3. Trong lòng Shinji là cuộc chiến âm thầm, không dứt với những tổn thương sâu sắc do mất mẹ và sự hờ hững tàn nhẫn từ người cha lạnh lùng. Cậu sợ hãi việc mở lòng với bất kỳ ai. Nhưng cuộc đời Shinji thay đổi mãi mãi khi gặp Misato Katsuragi — nữ sĩ quan cấp cao 29 tuổi của NERV, người mang đến cho cậu sự ấm áp đầy phóng khoáng như một người mẹ mà cậu chưa từng có. Khi một đợt tấn công dữ dội từ Angel giáng xuống, Shinji buộc phải ra trận. Gendou lúc này mới hé lộ mục đích thật sự của việc gọi con trai trở lại: chỉ có Shinji mới có thể điều khiển hiệu quả Evangelion Unit-01 — cỗ máy được thiết kế đồng bộ hoàn toàn với cơ thể và tâm trí của cậu. Dù bị giày vò bởi những sang chấn tâm lý khốc liệt do việc điều khiển Evangelion mang lại, Shinji vẫn đứng lên bảo vệ Tokyo-3 trước mối đe dọa từ thiên sứ, mà không hề hay biết mình chỉ là một quân cờ trong âm mưu đen tối của chính người cha ruột.