Dưới sự bao phủ của bóng tối, một samurai đeo mặt nạ đã sát hại năm người đàn ông trên khắp đô thị Nhật Bản: ba người ở Tokyo, một người ở Osaka và người cuối cùng ở Kyoto. Trong cuộc điều tra, cảnh sát biết được rằng mỗi người đàn ông đều là thành viên của Genjibotaru - một băng nhóm trộm tập trung vào việc trộm các bức tượng và hiện vật Phật giáo và những kẻ này lấy tên là người hầu của Minomoto no Yoshitune. Không có động cơ rõ ràng hay manh mối nào về danh tính của các thành viên khác, vụ án rơi vào bế tắc cho đến khi một ngôi chùa ở Kyoto triệu tập Kogorou Mouri nổi tiếng. Nhận được một lá thư nặc danh chứa một câu đố kỳ lạ, các nhà sư trong chùa yêu cầu sự giúp đỡ của anh ta trong việc giải quyết nó để lấy lại bức tượng đã thất lạc từ lâu của họ. Trong khi đó, Conan Edogawa và thám tử trung học Heiji Hattori hợp tác để giải câu đố khó hiểu và tìm ra kẻ sát nhân, trong khi Hattori tìm kiếm tình yêu thời thơ ấu của mình. Với kiến ​​thức của Hattori về Kyoto, cả hai lùng sục khắp các đường phố và dần dần khám phá ra sự thật, nhưng không phải trước khi kẻ sát nhân tấn công lần nữa - giết một thành viên Genjibotaru khác và sau nhiều lần cố gắng lấy mạng Hattori, cuối cùng bắt cóc người yêu thời thơ ấu của Hattori. Chỉ bằng cách làm việc cùng nhau để đưa những manh mối bị chôn vùi ra ánh sáng, Conan và Hattori mới có thể hy vọng chấm dứt cuộc đổ máu của samurai lừa đảo và cứu lấy tình yêu của Hattori.