Vào một buổi chiều mưa, Đội thám tử nhí chứng kiến ​​một vụ giết người bên kia đường. Bị cản trở bởi giao thông, thủ phạm bỏ trốn và Conan Edogawa được một thám tử hấp hối để lại một manh mối duy nhất. Vài ngày sau, một thám tử khác được tìm thấy bị sát hại trong một bãi đậu xe, khiến cảnh sát bối rối. Nghi ngờ thủ phạm là người của mình, tất cả mọi người trong sở cảnh sát không có bằng chứng ngoại phạm đều bị nghi ngờ. Nhưng mặc dù đang trong tình trạng cảnh giác cao độ, họ vẫn bị qua mặt và hứng chịu thêm một cuộc tấn công khác—lần này Ran Mouri thấy mình đang ở giữa làn đạn. Bị chấn thương tâm lý, Ran tỉnh dậy trong bệnh viện với chứng mất trí nhớ ngược, không nhớ gì về cuộc đời mình. Sớm được thả ra, cô đấu tranh để nhớ lại quá khứ của mình và ngày càng lo sợ không lấy lại được ký ức trước khi bị kẻ giết người nhắm đến vì những gì cô chứng kiến. Vì cô được bạn bè và gia đình bảo vệ nên Conan phải xâu chuỗi các manh mối lại và tìm ra kẻ sát nhân là ai trước khi chúng tấn công lần nữa.