Sau sự kiện của Satsujin Kousatsu (Zen), Shiki Ryougi đã hôn mê suốt hai năm do một tai nạn giao thông. Cuối cùng khi tỉnh dậy, cô không còn ký ức về quá khứ và bị dày vò bởi nỗi cô đơn sâu sắc. Thậm chí xa lạ hơn, cô còn nhận thấy những đường tối bao quanh những thứ xung quanh mình và nếu chạm vào chúng, cô có thể tháo rời vật thể đó — điều khiến cô hoàn toàn khiếp sợ. Bạn của cô, Mikiya Kokutou, nhờ đến sự giúp đỡ của Touko Aozaki, một pháp sư có thể giúp Shiki hiểu được đôi mắt của cô—“Đôi mắt thần bí nhận thức cái chết”—thực sự có khả năng gì và cách sử dụng chúng đúng cách.